L'action de Stargate SG-1 commence un peu plus d'un an après celle du film « Stargate, la porte des étoiles ». Le programme est plus ou moins à l'abandon et le colonel O'Neill est à la retraite. Mais un commando extraterrestre avec des uniformes similaires à ceux des soldats de Râ traverse la porte et envahit la base du Stargate Command (SGC) sur Terre.
Le général Hammond veut alors envoyer une autre bombe atomique sur Abydos. O'Neill se voit alors obligé d'avouer qu'il a menti dans son rapport de mission l'année dernière et qu'il a fait exploser la précédente bombe nucléaire dans le vaisseau de Râ et non à la surface et du même coup que Daniel Jackson est toujours vivant et qu'il garde la porte sur Abydos. Après un échange de messages, O'Neill part sur la planète et se voit confirmer par Daniel qu'aucun Goa'uld n'a traversé la porte. Ce dernier explique alors qu'il existe un réseau de plus d'une centaine de portes menant à autant de mondes différents, et que sur Abydos il a trouvé toute une série de coordonnées qui ne semblent plus fonctionner.
Avec l'aide de quelques ordinateurs, ils recalculent la position actuelle des planètes par rapport à des coordonnés vieilles de plusieurs millénaires. L'armée décide alors qu'ils doivent explorer les mondes accessibles par la porte des étoiles pour évaluer les menaces extraterrestres. Ainsi, le programme Stargate renaît et O'Neill est responsable de SG-1, la première équipe. Pendant ce temps sur Abydos des extraterrestres passent la porte et font un raid, enlevant de nombreuses personnes dont Sha're la femme de Daniel, et Skaara son frère. Daniel trouvant alors un intérêt personnel à participer à l'opération, rejoint SG-1 en tant qu'archéologue et spécialiste de civilisations anciennes.
La première mission de SG-1 est d'aller sauver les personnes enlevées, mais l'équipe se fait rapidement capturer à son tour. Ils ne devront leur salut qu'à Teal'c, un garde Jaffa qui décide de tout quitter pour les suivre dans l'espoir de libérer son peuple des « faux dieux ». Par la suite, Teal'c rejoindra SG-1, ainsi que le capitaine Samantha Carter, une physicienne du contingent.
Cette série met ainsi en scène une branche spéciale de l'Air Force américaine, le Stargate Command (ou SGC), dont les équipes explorent d'autres planètes grâce à une porte des étoiles et mènent une lutte continue contre une race d'extraterrestres parasites appelés les Goa'uld. Les Goa'uld règnent sur un grand nombre de planètes de la galaxie et seraient des "dieux" d'anciennes mythologies terriennes.
Au cours de ses explorations, l'équipe SG-1 rencontre aussi bien des peuples pacifiques tels que les Nox ou les Asgards, que des peuples en mal de puissance tels que les Réplicateurs et les Ori. La série s'inspire aussi bien d'épisodes récents de l'Histoire humaine (Guerre froide, etc.) que de mythologies anciennes (Mythologie égyptienne, nordique, légendes arthuriennes, etc.) pour créer des épisodes indépendants ou des arcs entiers de scénarios. Les grandes religions monothéistes demeureront assez absentes des premières saisons, hormis de rares exceptions. L'ascension, processus par lequel seuls certains êtres humains peuvent accéder à un niveau supérieur, s'inspire à la fois de l'idée du Paradis et du Bouddhisme. Les dernières saisons, centrées sur la menace Ori, sont à la fois inspirées de la période de l'inquisition et de la légende d'Arthur, notamment avec le personnage clef de Merlin.
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